Andar 41 a 45 (Secret Lab)
Inimigos
Cada andar conta com um miniboss. No andar Cyborg Crystal Onix, os bosses são todos os que apareceram nos andares anteriores.
| Inimigos | |||||||
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 Cyborg Charizard |
 Cyborg Skarmory |
 Cyborg Tropius |
 Cyborg Venusaur |
 Cyborg Meganium |
 Cyborg Armaldo |
 Cyborg Camerupt |
Cyborg Armaldo |
 Cyborg Machoke |
 Cyborg Snorlax |
 Cyborg Toxicroak |
 Cyborg Blastoise |
 Cyborg Crawdaunt |
 Cyborg Feraligatr |
 Cyborg Electabuzz |
 Cyborg Scizor |
 Cyborg Shiny Electrode |
 Cyborg Alakazam |
 Cyborg Claydol |
 Cyborg Bronzong |
 Cyborg Gengar |
 Cyborg Ninetales |
 Cyborg Typhlosion |
 Cyborg Mega Charizard Y |
 Cyborg Mega Charizard X |
 Cyborg Mega Gengar |
 Cyborg Mega Alakazam |
 Cyborg Metagross |
 Cyborg Mega Blastoise |
 Cyborg Shiny Machamp |
 Cyborg Mega Tyranitar |
 Cyborg Mega Venusaur |
Obs: O primeiro 
Sarkies Trooper aparece aos 25 minutos e vai continuar surgindo de 3 em 3 minutos após isso. (Existe uma chance de ele não reaparecer nos primeiros 6 minutos após a primeira aparição).
Armadilhas
Durante todos os andares, o jogador encontrará uma chuva de rochas semelhante ao golpe "Falling Rocks". É possível desviar desta armadilha e a mesma não causará hit kill no jogador ou em seu Pokémon. O andar também possui lasers que causarão dano ao jogador caso não desvie dos raios emitidos por eles. Além disso, em algumas partes do mapa o jogador encontrará armadilhas invisíveis que ao pisar, emitirão um ponto de exclamação, seguido de uma explosão com efeito sonoro.
Mapas
Ao entrar em cada andar, o jogador cairá aleatoriamente em um dos 8 mapas a seguir. Somente é possível avançar para o próximo andar ao derrotar todos os inimigos do local. O ícone de Pokéball no mapa indica a saída.
| Andar 41 a 44 [1] | Andar 41 a 44 [2] |
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| Andar 41 a 44 [3] | Andar 41 a 44 [4] |
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| Andar 41 a 44 [5] | Andar 41 a 44 [6] |
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| Andar 41 a 44 [7] | Andar 41 a 44[8] |
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Boss
O boss do andar é o 
Cyborg Crystal Onix. Sua mecânica consiste em destruir os 5 cristais em campo e desviar dos espinhos que irão aparecer no chão. Enquanto desvia, o jogador deverá ir derrotando o Boss.
O cristal localizado no centro da arena deverá ser o último destruído, pois não receberá dano caso os outros estiverem ativos. Além disso, os espinhos liberados pelo boss aparecerão em três parte do mapa, deixando uma área vazia para o jogador ficar livre. Ele segue o sentido horário e anti-horário conforme indicado no vídeo abaixo.
Recompensa
| 3 Nightmare unusual ores | 50 Technological Crystals (Tier: 4) | 30 Technological Crystals (Tier: 5) | 30 Technological Crystals (Tier: 6) | Cyborg Cell (Crystal) | Very Large Nightmare experience candy | Moderate Nightmare experience candy |
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