Andar 46 a 50 (Secret Lab)
Inimigos
Cada andar conta com um miniboss. No andar Cyborg Crystal Onix, os bosses são todos os que apareceram nos andares anteriores.
| Inimigos | ||||||||||
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 Cyborg Blastoise |
 Cyborg Skarmory |
 Cyborg Tropius |
 Cyborg Armaldo |
 Cyborg Camerupt |
 Cyborg Snorlax |
 Cyborg Toxicroak |
 Cyborg Electabuzz |
 Cyborg Scizor |
 Cyborg Alakazam |
 Cyborg Shiny Electrode |
 Cyborg Bronzong |
 Cyborg Gengar |
 Cyborg Mega Charizard Y |
 Cyborg Mega Charizard X |
 Cyborg Mega Gengar |
 Cyborg Mega Alakazam |
 Cyborg Metagross |
 Cyborg Mega Blastoise |
 Cyborg Shiny Machamp |
 Cyborg Mega Tyranitar |
 Cyborg Mega Venusaur |
Armadilhas
As armadilhas desse andar são pedras que perseguem o personagem por um período de tempo, não causando dano ao seu pokémon e não dão Hit kill no jogador. Além disso, em algumas partes do mapa o jogador encontrará armadilhas que ao pisar emite um ponto de exclamação e um efeito sonoro.
Mapas
Ao entrar em cada andar, o jogador cairá aleatoriamente em um dos 8 mapas a seguir. Somente é possível avançar para o próximo andar ao derrotar todos os inimigos do local. O ícone de Pokéball no mapa indica a saída.
| Andar 1 a 4 [1] | Andar 1 a 4 [2] |
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| Andar 1 a 4 [3] | Andar 1 a 4 [4] |
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| Andar 1 a 4 [5] | Andar 1 a 4 [6] |
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| Andar 1 a 4 [7] | Andar 1 a 4 [8] |
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Liberando o Boss Cyborg Aerodactyl
O boss do andar é o Cyborg Crystal Onix 
. Sua mecânica consiste em destruir os 5 cristais em campo e desviar dos espinhos que irão aparecer no chão. Enquanto desvia, o jogador deverá ir derrotando o Boss.
O cristal localizado no centro da arena deverá ser o último destruído, pois não receberá dano caso os outros estiverem ativos. Além disso, os espinhos liberados pelo boos aparecerão em três parte do mapa, deixando uma área vazia para o jogador ficar livre. Ele segue o sentido horário e anti-horário conforme indicado no vídeo abaixo.
Recompensa
| 3 Nightmare unusual ores | 50 Technological Crystals (Tier: 5) | 50 Technological Crystals (Tier: 6) | 50 Technological Crystals (Tier: 7) | Cyborg Cell (Rock) | Very Large Nightmare experience candy | 2 Moderate Nightmare experience candy | Key of Sarkies factory |
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