Andar 46 a 50 (Secret Lab)
Inimigos
Cada andar conta com um miniboss. No andar Cyborg Aerodactyl, os bosses são todos os que apareceram nos andares anteriores.
| Inimigos | ||||||||||
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 Cyborg Blastoise |
 Cyborg Skarmory |
 Cyborg Tropius |
 Cyborg Armaldo |
 Cyborg Camerupt |
 Cyborg Snorlax |
 Cyborg Toxicroak |
 Cyborg Electabuzz |
 Cyborg Scizor |
 Cyborg Alakazam |
 Cyborg Shiny Electrode |
 Cyborg Bronzong |
 Cyborg Gengar |
 Cyborg Mega Charizard Y |
 Cyborg Mega Charizard X |
 Cyborg Mega Gengar |
 Cyborg Mega Alakazam |
 Cyborg Metagross |
 Cyborg Mega Blastoise |
 Cyborg Shiny Machamp |
 Cyborg Mega Tyranitar |
 Cyborg Mega Venusaur |
Armadilhas
As armadilhas desse andar são pedras que perseguem o personagem por um período de tempo, não causando dano ao seu pokémon e não dão Hit kill no jogador. Além disso, em algumas partes do mapa o jogador encontrará armadilhas invisíveis que ao pisar, emitirão um ponto de exclamação, seguido de uma explosão com efeito sonoro.
Mapas
Ao entrar em cada andar, o jogador cairá aleatoriamente em um dos 8 mapas a seguir. Somente é possível avançar para o próximo andar ao derrotar todos os inimigos do local. O ícone de Pokéball no mapa indica a saída.
| Andar 1 a 4 [1] | Andar 1 a 4 [2] |
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| Andar 1 a 4 [3] | Andar 1 a 4 [4] |
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| Andar 1 a 4 [5] | Andar 1 a 4 [6] |
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| Andar 1 a 4 [7] | Andar 1 a 4 [8] |
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Liberando o Boss Cyborg Aerodactyl
- Essa parte é necessário fazer apenas uma vez, exceto minerar os fósseis e abrir o portal, que deverá ser feito toda vez que quiser derrotar o Cyborg Aerodactyl.
Ao chegar no andar 50, o jogador entrará em uma sala vazia. Clique no armário indicado na imagem abaixo para coletar alguns uns documentos.
O jogador receberá:
| 1 Black Book | 4 Cyborg Project | 1 Old Diary | 1 Old Letter | 1 Record Book |
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Saia do andar utilizando a corda de escape localizada ao extremo norte da sala. Fora da Nightmare World, vá até a Kabuto Fossil Island e mostre os documentos recebidos ao NPC Albert, localizado no centro de escavações.
Durante o diálogo, ele dirá que sua equipe de cientistas está perto de fazer uma descoberta importante sobre criaturas misteriosas e como está muito ocupado, pergunta o que você quer. Digite a palavra "Thommy" para prosseguir o diálogo. Ao terminar a conversa, Albert irá solicitar os seguintes itens:
| 600 Horn Drill | 500 Compressed Steel | 20 Rock Stone | 30 Steelix Tail | 25 Metal Stone | 20 Mystic Star | 15 Ancient Stone | 20 Crystal Stone |
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Após entregar os itens, vá até o NPC Seth localizado na Sliph Co, ao lado do Centro Pokémon de Saffron.
Ele dirá que foi roubado e contará a sua história. Por fim, dirá que o item que Albert pediu para ele está na cidade abandonada de Hamlin. No local terá alguns NPCs que devem ser derrotados. Após isso, clique na caixa escondida, conforme demonstrado abaixo.
Retorne para Saffron e fale com o NPC Seth, em seguida, retorne ao NPC Albert.
Ele irá entregar uma picareta apenas uma vez, ao qual o jogador deverá utilizar para coletar o fóssil. Após coletar o primeiro fóssil, o jogador deverá então comprar outras 8 com o NPC Albert.
Nas próximas vezes o jogador deverá comprar 9 picaretas.
$50000 ($50k)
Localização dos Fósseis
- Nessa etapa é necessário um pokémon com a habilidade Light.
- O tempo de respawn dos fósseis é de 1 hora após coletado.
Respawn Aerodactyl (Kanto) Membranous Wing
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Respawn Omastar (Kanto) Helix-spiraled Shell
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Respawn Kabuto (Kanto) Horseshoe Crab Shell
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Respawn Bastiodon (Ilhas Laranja) Elliptical Shield
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Respawn Armaldo (Phenac) Arthropod Shell
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Respawn Cradily (Agate) Strange Shell
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Entrada Archeops (Safari Artificial) Clawed Wing
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Entrada Carracosta (Safari Artificial) Black Shell
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Respawn Cranidos (Nightmare World) Dome-shaped Piece of Head
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Com os 9 fósseis em mãos, o jogador deverá retornar ao Andar 50 e colocá-los nos locais corretos conforme indicado na imagem abaixo. Após isso, deverá clicar na alavanca localizada ao centro do andar para acessar ao portal que levará ao Boss Cyborg Aerodactyl.
Boss
O boss do andar é o 
Cyborg Aerodactyl. Ao entrar na sala, o jogador deverá buscá-lo o norte do andar.
No primeiro estágio do boss, o jogador deverá mover o seu Pokémon nos espinhos que aparecerão no chão enquanto o Cyborg Aerodactyl fica em um efeito semelhante ao ataque Fly. Quando ele descer, o seu Pokémon receberá dano. Caso ele esteja em cima do espinho, o Cyborg Aerodactyl também levará dano. É recomendado que o jogador utilize um Pokémon com a habilidade "Blink" neste momento.
No segundo estágio ele começará a levar dano dos Pokémon que o jogador estiver utilizando. No terceiro e último estágio, começará enviar pedras semelhante as armadilhas dos andares anteriores, que causarão dano ao jogador.
Recompensa
| 3 Nightmare unusual ores | 50 Technological Crystals (Tier: 5) | 50 Technological Crystals (Tier: 6) | 50 Technological Crystals (Tier: 7) | Cyborg Cell (Rock) | Very Large Nightmare experience candy | 2 Moderate Nightmare experience candy | Key of Sarkies factory |
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