Inimigos

Cada andar conta com um miniboss. No andar Cyborg Aerodactyl, os bosses são todos os que apareceram nos andares anteriores.

Inimigos
Cyborg Blastoise	Cyborg Skarmory	Cyborg Tropius	Cyborg Armaldo	Cyborg Camerupt	Cyborg Snorlax	Cyborg Toxicroak	Cyborg Electabuzz	Cyborg Scizor	Cyborg Alakazam	Cyborg Shiny Electrode
Cyborg Bronzong	Cyborg Gengar	Cyborg Mega Charizard Y	Cyborg Mega Charizard X	Cyborg Mega Gengar	Cyborg Mega Alakazam	Cyborg Metagross	Cyborg Mega Blastoise	Cyborg Shiny Machamp	Cyborg Mega Tyranitar	Cyborg Mega Venusaur

Armadilhas

As armadilhas desse andar são pedras que perseguem o personagem por um período de tempo, não causando dano ao seu pokémon e não dão Hit kill no jogador. Além disso, em algumas partes do mapa o jogador encontrará armadilhas invisíveis que ao pisar, emitirão um ponto de exclamação, seguido de uma explosão com efeito sonoro.

Mapas

Ao entrar em cada andar, o jogador cairá aleatoriamente em um dos 8 mapas a seguir. Somente é possível avançar para o próximo andar ao derrotar todos os inimigos do local. O ícone de Pokéball no mapa indica a saída.

Andar 1 a 4 [1]	Andar 1 a 4 [2]

Andar 1 a 4 [3]	Andar 1 a 4 [4]

Andar 1 a 4 [5]	Andar 1 a 4 [6]

Andar 1 a 4 [7]	Andar 1 a 4 [8]

Liberando o Boss Cyborg Aerodactyl

Essa parte é necessário fazer apenas uma vez, exceto minerar os fósseis e abrir o portal, que deverá ser feito toda vez que quiser derrotar o Cyborg Aerodactyl.

Ao chegar no andar 50, o jogador entrará em uma sala vazia. Clique no armário indicado na imagem abaixo para coletar alguns uns documentos.

O jogador receberá:

1 Black Book	3 Cyborg Project	1 Old Diary	1 Old Letter	1 Record Book

Saia do andar utilizando a corda de escape localizada ao extremo norte da sala. Fora da Nightmare World, vá até a Kabuto Fossil Island e mostre os documentos recebidos ao NPC Albert, localizado no centro de escavações.

Durante o diálogo, ele dirá que sua equipe de cientistas está perto de fazer uma descoberta importante sobre criaturas misteriosas e como está muito ocupado, pergunta o que você quer. Digite a palavra "Thommy" para prosseguir o diálogo. Ao terminar a conversa, Albert irá solicitar os seguintes itens:

600 Horn Drill	500 Compressed Steel	20 Rock Stone	30 Steelix Tail	25 Metal Stone	20 Mystic Star	15 Ancient Stone	20 Crystal Stone

Após entregar os itens, vá até o NPC Seth localizado na Sliph Co, ao lado do Centro Pokémon de Saffron.

Ele dirá que foi roubado e contará a sua história. Por fim, dirá que o item que Albert pediu para ele está na cidade abandonada de Hamlin. No local terá alguns NPCs que devem ser derrotados. Após isso, clique na caixa escondida, conforme demonstrado abaixo.

Retorne para Saffron e fale com o NPC Seth, em seguida, retorne ao NPC Albert. Albert irá entregar uma picareta apenas uma vez, então o jogador deverá comprar outras 8 para coletar os fósseis. Nas próximas vezes o jogador deverá comprar 9 picaretas.
$50000 ($50k)

Localização dos Fósseis

Nessa etapa é necessário um pokémon com a habilidade Light.
O tempo de respawn dos fósseis é de 1 hora após coletado.

Respawn Aerodactyl (Kanto) Membranous Wing	Respawn Omastar (Kanto) Helix-spiraled Shell	Respawn Kabuto (Kanto) Horseshoe Crab Shell

Respawn Bastiodon (Ilhas Laranja) Elliptical Shield	Respawn Armaldo (Phenac) Arthropod Shell	Respawn Cradily (Agate) Strange Shell

Entrada Archeops (Safari Artificial) Clawed Wing	Entrada Carracosta (Safari Artificial) Black Shell	Respawn Cranidos (Nightmare World) Dome-shaped Piece of Head