A Wave 1 é composta por Pokémon do clã 
Volcanic.
Os Pokémon variam conforme a dificuldade da Mystery Dungeon.
Mystery Dungeon - Mewtwo Strikes Back
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Introdução
Após perceber a importância da amizade entre humanos e Pokémon, Mewtwo se dedicará a buscar conhecimento para entender melhor o vínculo que une os Pokémon aos seus Treinadores.
Desbloqueando o acesso
O acesso a essa Mystery Dungeon é liberado após a conclusão da Mewtwo Main.
Observação: O jogador pode utilizar o teleporte direto para a dungeon pela Interface de Mystery Dungeons, usando o atalho Z.
Dificuldades
Os jogadores podem realizar a Mystery Dungeon nas seguintes dificuldades:
| Dificuldade | Level Mínimo | Level Cap | Tempo | Energias |
|---|---|---|---|---|
| Ace | 200 | 300 | 1 Hora | 80 
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| Ultra | 300 | 450 | 1 Hora | 80
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| Hyper | 400 | 600 | 1 Hora | 80
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| Master | 500 | - | 1 Hora | 80
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| Grand Master | 600 | - | 1 Hora | 80
|
Objetivos
A Mystery Dungeon consiste em derrotar os Pokémon que aparecerão ao longo das waves, sobreviver à corrida do Mewtwo e enfrentá-lo em um duelo utilizando o Mew. Ao todo, são 11 waves, sendo a 11ª um duelo contra clones dos Pokémon presentes em sua mochila.
Observações:
- Revive não será consumido na Mystery Dungeon, mas medicine sim, portanto leve bastante.
- É recomendado que o jogador utilize Pokémon da categoria
Speedster. - A quantidade de Pokémon e a variedade são diferentes conforme a dificuldade da Mystery Dungeon.
Os Pokémon invocados pelo Mewtwo não recebem efeito negativo. Recomenda-se o uso contínuo de medicine para evitar que o Pokémon do jogador sofra efeitos negativos.
A Wave 2 é composta por Pokémon do clã 
Naturia.
Os Pokémon variam conforme a dificuldade da Mystery Dungeon.
A Wave 3 é composta Pokémon do clã 
Wingeon.
Os Pokémon variam conforme a dificuldade da Mystery Dungeon.
A Wave 4 é composta por Pokémon do clã 
Seavell.
Os Pokémon variam conforme a dificuldade da Mystery Dungeon.
A Wave 5 é composta por Pokémon do clã 
Gardestrike.
Os Pokémon variam conforme a dificuldade da Mystery Dungeon.
A Wave 6 é composta por Pokémon do clã 
Malefic.
Os Pokémon variam conforme a dificuldade da Mystery Dungeon.
A Wave 7 é composta por Pokémon do clã 
Orebound.
Os Pokémon variam conforme a dificuldade da Mystery Dungeon.
A Wave 8 é composta por Pokémon do clã 
Raibolt.
Os Pokémon variam conforme a dificuldade da Mystery Dungeon.
A Wave 9 é composta por Pokémon do clã 
Psycraft.
Os Pokémon variam conforme a dificuldade da Mystery Dungeon.
A Wave 10 é composta por Pokémon do clã 
Ironhard.
Os Pokémon variam conforme a dificuldade da Mystery Dungeon.
Quando finalizar as Waves, Mewtwo clonará os Pokémon do jogador e será necessário enfrentá-los.
Ao passar das waves e derrotar os Pokémon que haviam sido clonados, Mew aparecerá e o jogador será transportado para o céu. Depois disso, Mew ajudará o jogador fugir da fúria de Mewtwo.
O jogador deverá desviar dos ataques que o Mewtwo lança e chegar até o final do percurso. O Mew sempre andará para a direita, cabendo ao jogador guiá-lo para cima ou para baixo.
Cada vez que o jogador passar por cima de um ataque do Mewtwo, perderá 20% da vida máxima.
Para evitar os danos em situações onde o jogador se veja sem um caminho livre, ele poderá passar por cima do ataque do Mewtwo, desde que pise na mesma linha onde o ataque está.
O ataque só afeta o jogador caso ele esteja à sua frente.
Abaixo, um exemplo do que pode ser feito:
Ao passar pelo percurso, a batalha final começará. O jogador deverá derrotar o Mewtwo com o 
Mew.
A mecânica para derrotar o Mewtwo consiste em reduzir a vida dele até fazer o Mewtwo ativar o Psystrike então o jogador deverá usar a skill Reflect e Barrier. Esta mecânica acontece duas vezes durante a batalha com o Mewtwo.
Ao derrotar o Mewtwo, a Mystery Dungeon será finalizada.
Recompensas
| Item | Raridade | |
|---|---|---|
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Comum | |
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Comum | |
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Comum | |
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Lendário | |
 Experiência sem bônus: 410.000
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| Experiência com bônus: 680.000
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| Item | Raridade | |
|---|---|---|
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Comum | |
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Comum | |
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Comum | |
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Lendário | |
| Experiência sem bônus: 530.000
| ||
| Experiência com bônus: 880.000
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| Item | Raridade | |
|---|---|---|
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Comum | |
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Comum | |
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Comum | |
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Comum | |
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Lendário | |
| Experiência sem bônus: 650.000
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| Experiência com bônus: 1.080.000
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| Item | Raridade | |
|---|---|---|
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Comum | |
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Comum | |
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Comum | |
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Comum | |
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Lendário | |
| Experiência sem bônus: 960.000
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| Experiência com bônus: 1.600.000
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 Improved XP sem bônus: 16.200
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| Improved XP com bônus: 32.400
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| Item | Raridade | |
|---|---|---|
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Comum | |
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Comum | |
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Comum | |
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Comum | |
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Lendário | |
| Improved XP sem bônus: 32.400
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| Improved XP com bônus: 64.800
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Observação: O jogador poderá realizar a dungeon várias vezes durante a semana, só precisará da energia azul.
Além disso, as duas primeiras dungeon da semana recebem recompensa extra em determinados itens e também na EXP.