Concentra sua energia e se mantém parado por alguns segundos. Depois, solta um grito que atinge tanto o jogador quanto o Pokémon e que aplica efeito CONFUSION por alguns segundos.
Rayquaza(Boss)
O 
Rayquaza é o último obstáculo para finalizar o Sétimo Andar. Para isso, o jogador deverá derrotá-lo.
O confronto envolve diversas mecânicas das habilidades do Rayquaza, inclusive sendo necessário enfrentar os outros bosses da Embedded Tower: Regice, Registeel, Regirock e o Titan Lendário contrário ao do que o jogador está utilizando.
Para entender melhor as habilidades, clique na habilidade desejada abaixo:
Corta o céu em uma grande área, aplicando danos consecutivos em cada hit de sua habilidade.
Corta seu alvo causando um dano.
Rayquaza se concentra e dispara uma progétil que atinge todos os sqms ao redor causando dano a quem for atingido.
Pula e começa a voar em uma velocidade rápida que vai decaindo ao longo do tempo, após alguns segundos atinge o chão causando um dano extremamente alto e atinge tanto o jogador quanto o Pokémon que estiverem na área, aplicando o efeito CONFUSION durante alguns segundos.
Dispara 6 esferas, uma de cada vez no jogador, e causa um dano baixo, porém continuo que pode derrotar o jogador caso fique parado. Essa habilidade tem seu dano aumentado caso o jogador esteja sem Pokémon.
Ativa sua passiva sempre que chegar a certa porcentagem de sua vida máxima. A habilidade será ativada e Rayquaza se teleportará para o centro da sala. A partir daí, desfere diversos meteoros durante 10 turnos. Essa habilidade causa dano na vida do Pokémon e na vida do jogador caso seja atingido.
Cuidado: caso o Rayquaza esteja com a habilidade Hyper Voice ativa no momento que ele for teleportado, a habilidade funcionara normalmente e aplicara o status negativo caso seja atingido.
Após o Rayquaza atingir certa quantidade de vida, o jogador será teleportado para uma arena no início do Sétimo Andar.
Nesta arena, o jogador estará preso com Regirock, Registeel e Regice. É necessário derrotá-los para continuar o caminho da Embedded Tower.
Não há nenhuma mecânica diferente neste momento, o jogador apenas deve usar com sabedoria as habilidades de seu Pokémon e aproveitar as Spheres presentes no andar, que concedem bônus ao Pokémon.
Tabela das esferas.
Depois de derrotá-los, o jogador deve retornar ao local do Rayquaza e continuar a batalha.
Quando atingir uma outra quantidade de vida, o jogador será novamente teleportado para a arena do início do Sétimo Andar.
Dessa vez, estará preso com o Titan Lendário contrário do que está usando. Por exemplo, se o jogador estiver usando Kyogre, enfrentará o Groudon.
Novamente, o jogador deverá usar com sabedorias as habilidades de seu Pokémon e aproveitar as Spheres presentes no andar, que concedem bônus ao Pokémon.